Файл .ico собирается вручную: заголовок, таблица из пяти записей и пять PNG-кадров — 16, 24, 32, 48 и 64. Такой .ico понимают все браузеры, где PNG внутри ico поддерживается, а прозрачность в нём сохраняется. Архив собирается тем же способом: методом «без сжатия», потому что PNG внутри уже сжаты, и второй проход дал бы десятые доли процента.